小米浏览器深度集成系统级深色模式的技术难点主要包括以下几个方面：
1. 兼容性问题：由于不同设备和操作系统的屏幕分辨率、色彩管理等方面存在差异，实现系统级深色模式的深度集成需要确保在不同设备和操作系统上都能正常工作。这需要对底层硬件和软件进行深入的研究和优化。
2. 用户体验：在实现系统级深色模式的同时，还需要保证浏览器的流畅度和稳定性，避免出现卡顿、闪退等问题。这需要对浏览器的渲染引擎、网络传输等关键技术进行优化。
3. 性能优化：为了提高系统级深色模式的性能，需要在不影响用户体验的前提下，对浏览器的渲染、加载、缓存等过程进行优化。这需要对浏览器的架构、算法等进行深入研究。
4. 安全性：在实现系统级深色模式的过程中，需要注意保护用户的隐私和数据安全。例如，防止恶意网站利用深色模式进行钓鱼攻击、窃取用户信息等。这需要对浏览器的安全性能进行加强，如采用加密传输、身份验证等技术手段。
5. 跨平台支持：由于不同设备和操作系统之间的差异较大，实现系统级深色模式的深度集成需要具备良好的跨平台支持能力。这需要对不同设备的硬件特性、操作系统特性等进行充分了解，并采用相应的技术手段进行适配。
6. 更新维护：随着技术的发展和用户需求的变化，系统级深色模式可能需要不断更新和维护。这需要建立完善的更新机制，确保浏览器能够及时修复漏洞、添加新功能等。
总之，实现小米浏览器深度集成系统级深色模式的技术难点较多，需要从多个方面进行综合考虑和优化。